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而道教的崛起时期，主要就是在于道教称为封建王朝“国教”的时期。
最早成为“国教”的道教时期是魏晋南北朝的天师道。
其中在这一方面的代表则是四川天师道当时的首领范长生。
蜀后主延熙十一年，涪陵郡反，车骑将军邓芝率兵征讨。平定后，朝廷为免再生事端，将涪陵五千余户强行迁往成都，其中即有范长生一家。
当时，一些处于战乱的人们，为摆脱现实苦难的困扰和寻求精神的寄托而皈依宗教。因此，由张道陵创建的“天师道”，在成都一带盛极一时。饱受战乱与歧视之苦的范长生，也加入了天师道，长期住在成都西山。因他注重信义，博学多才，深得天师道教徒的敬服，被拥为成都一带天师道的首领。
他从事道教修炼，欲为神仙，得长生久视之术。宋代祝穆《方舆胜览》云“先主刘备)征之不起，就封为逍遥公”，“刘禅易其宅为长生观”。
《列仙传》说蜀才“年百余岁，人奉为仙，称曰长生”。
范长生家世世代代掌握部曲，他本人又是天师道教主。到李流据郫城时，他领有千余户人家，住在青城山下。
青城山是天师道的一个治所，是有名的洞天福地。《寰宇记》卷七十三引《道书福地记》说：“上有没溺池，有甘露、芝草”。
又引《玉匮经》说：“此第五大洞，宝山九室之天，黄帝所奏拜为五岳丈人。黄帝刻石拜谒纂书犹存。又有石日月象。天师立青城治于其中。”
青城治不在二十四治之中，或者是别治、游治、下治之类。天师道的治犹如世俗的官府，管理道民的宗教行政机构，组织比较严密，教主与教民的关系，实际上是统治者与被统治者的关系，形成一种超乎国家行政组织之外的统治力量。
范长生在青城山下拥有部曲，必然也拥有道民。他能拿出粮食供军，这充分显示了他有雄厚的经济实力，而且又是一个拥有武装的道教主。
罗尚平西将军府参军徐舆看中了范长生这股力量，他向罗尚要求为汶山太守，联合范长生，共同攻李流；罗尚不许。徐舆怨怒，出降李流；李流用为安西将军。徐舆，涪陵人，与范长生算是同乡。通过徐舆的游说，范长生资给流民军粮食。
李流的军粮问题，暂时得到解决，摆脱了饥饿的困境。
经过李特、李流领导流民军三年为实践，李雄认识到不得蜀中土著的支持是危险的。李流通过徐舆的游说，流民军得到范长生的大力支持，使流民军渡过难关，转危为安。尽管范长生原籍是涪陵丹兴，但范氏在蜀中居住已有百年，有土地，有千余家部曲，又是道教首领，与蜀人有千丝万缕联系，即是说，有相当实力。故“李雄以范长生有名德、为蜀人所重，欲迎以为君而臣之”，以缓和六郡流民与蜀中土著的矛盾。
范长生认为自己无法领导流民大军，于是，他充分利用披在身上的道袍，传达天意，说什么“推步大元五行，大会甲子，独锺于李，非吾节也”。范长生不接受皇帝位，更劝李雄自立。
光熙元年三月，范长生从青城山来到成都。六月，李雄即皇帝位，国号大成，改元宴平，以范长生为丞相，加号“四时八节天地太师”，封西山侯，“复其部曲，军征不预，租赋一入其家”。
这是李雄和流民上层给范长生的酬谢：政治上是丞相，当朝一品；经济上，他的部曲不负担徭役，他的土地也不向大成政权输纳租赋。他成了十足的封建贵族，既有土地，又有依附农民，还获得豁免赋役的特权。
范长生从支持流民集团到加入大成政权，标帜着六郡氐叟侯王、汉族大地主与蜀中大地主的合流，构成大成政权的统治核心，这就是大成政权的阶级实质。范长生在大成政权内所享有的经济特权与西晋的贵族王公并无两样，也就是大地主特权在大成政权中的合法化。
此时的范长生已是耄耋之年，李雄则年方三十，老少同心，君臣和谐。在范长生“清心寡欲，敬天爱民”的涉世宗旨影响下，在其“休养生息，薄赋兴教，切莫穷兵黩武”的劝导下、大成宽和政役，轻徭薄赋，建官学，兴文教，端风化，罚不妄举，刑不滥及，恩威远播。来称臣依附的人增多，大成一度昌盛。
公元318年四月，范长生卒于成都。
……
而在东晋，虽然天师道的影响力相对而言没有成汉时期的四川天师道那么大，但是毫无疑问的是，最终引发东晋灭亡的孙恩之乱，就是东晋天师道的一次影响力展示。
孙恩出身琅琊孙氏，祖上是八王之乱时赵王司马伦的谋主孙秀，世奉五斗米道。[1]其家族在东晋属于“寓居江左的次等士族”。
孙恩的叔父孙泰师从钱塘人杜子恭，学习秘术。杜子恭死后，孙泰继任五斗米道教主，教徒广布南方，曾经为会稽王司马道子做事。
晋安帝隆安二年，孙泰见王恭举兵对抗朝廷，有感晋朝国祚将倾，于是打算作乱。会稽内史谢揭发孙泰造反的阴谋，孙泰遭司马道子诛杀。
孙恩此时逃入海岛。孙泰余众当时认为孙泰是“蝉蜕登仙”，到海岛中支持孙恩，孙恩于是聚集了百多人，伺机复仇。
而当时由于地方割据，政府实际控制只限于所谓“东土”的三吴地区。
这里南北士族田园别墅最集中，封建剥削最严重，政府又将绝大部分赋役加于此地，农民负担格外沉重。他们有的沦为奴隶、佃客，有的逃亡山海屯聚反抗。这是孙恩起义爆发于该地，并能坚持数年之久的基本原因。
起义的导火线是隆安三年朝廷征发“免奴为客”者当兵，他们不愿应征。征发这部分客，对其主人也是损失，从而引起世家大族对政府的不满。所以一时“东土嚣然，人不堪命”。
隆安三年十月，孙恩带一百多人从海上登陆，攻下上虞，袭破会稽郡，杀内史王凝之。义军得到广大农民和奴客的拥护，也获得部分不满朝廷的地主分子的响应。于是，会稽、吴郡、吴兴、义兴、临海、永嘉、东阳、新安等八郡一时俱起，杀长吏以应之，史称“旬日之中，众数十万”。
孙恩自称征东将军，号义军为“长生人”。义军无情打击南北士族，如吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明惠、黄门侍郎谢冲，张琨、中书郎孔道、太子洗马孔福、乌程令夏侯等先后被杀，他们田园别墅的佃客和奴婢纷纷参加义军。朝廷派卫将军谢琰和北府名将刘牢之率北府兵镇压，孙恩率男女二十万口退入海岛。
四年五月，孙恩自浃口再次登陆，入余姚，破上虞。邢浦一战，又大败官兵，并于山阴阵斩谢琰及其两子。
后因朝廷增兵，义军于十一月再次退入海岛。五年二月，孙恩第三次自浃口登陆，五月，攻克沪渎垒，杀吴国内史袁山松。六月，义军浮海进至丹徒，威胁京师。因建康有备，义军乃北破郁洲和广陵。后因与刘裕交战屡次失利，损失很大，终于被迫退入海岛。元兴元年三月，孙恩最后一次登陆，不幸战败，投海而死，义军乃推其妹夫卢循为首，继续战斗。
卢循虽出自范阳大族卢氏，但因渡江较晚，未受朝廷重用。元兴二年，卢循与刘裕战于东阳、永嘉和晋安一带，不利，乃浮海南下。次年十月，卢循破番禺，自称平南将军，接受朝廷所封征虏将军、广州刺史、平越中郎将官号。并派姐夫徐道覆和亲党占据始兴及其他各部。卢循、徐道覆虽接受朝廷官号并遣使献贡，但又派人到大庾岭一带伐木，秘密准备北伐船只。
义熙六年二月，卢、徐乘刘裕北伐南燕，东晋后方空虚之际，分两路北上。一路由卢循率领越五岭，经长沙、巴陵直指江陵。一路由徐道覆率领直下庐陵、豫章，大败官兵，杀江州刺史何无忌。卢、徐即合兵东下，五月，在桑落洲大败晋大将刘毅，军抵淮口，直逼建康。此时义军战士十余万，舳舻千计，楼船高达十二丈，舟车百里不绝，朝廷一片慌乱，刘裕星夜赶回，仓促应战。
徐道覆主张立即登陆与刘裕决战，卢循多疑少决，贻误战机，使刘裕得以集中兵力，周密部署。义军小挫，卢循下令退却。十月，义军西攻江陵，不利。十二月，义军与官兵在大雷、左里相继展开死战，损失惨重，南退番禺。但此时番禺已被官兵抢先占领。次年三月，卢循攻番禺不下，转至交州，四月，兵败自杀。
同年二月，徐道覆亦牺牲于始兴。天师道之乱逐渐平息。
而不管是作为天师的孙恩等人，王凝之等在战乱中被杀的东晋高官，有不少人同样是天师道的信徒。
而在孙恩之乱之后，天师道在南朝地区的主掌者陆修静就进行对南朝地区的天师道的改革。
在东晋南朝时期，道教在组织形式上发生了重大变化，其主要表现是祭酒制的衰落和道官制度的兴起。祭酒制度为早期道教之旧制，其基本特征是“立治置职”，道官祭酒“领户化民”，实行****之统治。
为实现道官祭酒与道民的统属关系，天师道制定了三会日、宅录和缴纳命信等制度。规定在三会之日，道民必须到本师治所参加宗教活动，登记检查“宅录命籍”，听道官宣布科禁，考校功过。道官凭此向天曹启告，请天神守宅之官保护道民家口安全，禳灾却祸。
自魏初天师道北迁至晋宋之际，出现了组织混乱，科律废弛的严重局面。当时许多道民在三会之日不赴师治参加集会，不报户籍，不交租米命信。一些道官更“妄相置署，不择其人，佩惟多，受治惟多，受治惟大，争先竞胜，更相高下”，“纵横颠倒，乱杂互起，以积衅之身，佩虚伪之治。身无戒律，不顺教令，越科破禁，轻道贱法。恣贪欲之性，而耽酒食，背盟威清约之正教，向邪僻袄巫之倒法”。
祭酒制度的腐朽败落，就失去了“清约治民”，使“道化宣流，家国太平”的作用。在这种情况下，陆修静乃提出一套整顿和改革的措施。
首先，陆修静禁止道官自行署职，实行按级晋升的制度。他认为，普通民众须有功德，才能受为道民；道民受之后，有功者才能升迁。
从受十将军依次升至受五十将军，再从吏依次晋升散气道士、别治道官、下治道官、配治道官，以及下、中、上八治道官。其最高者，即“能明炼道气，救济一切，消灭鬼气，使万姓归伏”的道师，才能拜署上八治中的阳平、鹿堂、鹤鸣三治道职。
其强调“采求道官，勿以人负官，勿以官负人”的组织措施。为健全三会日制度，他重申，三会日“民各投集本治师，当改治录籍，落死上生，隐实口数，正定名簿。三宣五令，令民知法。其日，天官地神咸会师治，对校文书。师民皆当清静肃然，不得饮酒食肉，哗言笑。会竟，民还家，当以闻科禁威仪教敕大小，务共奉行”。
同时，他还针对“宅录”制度严重混乱的状况，规定每年三会日之最后一日，作为登记、审核宅录的最后期限，其日，每个道民都须赍信至本师治所，由本师给以注籍，以便道官“领户化民”。
第二，陆修静十分重视道教斋仪的作用，认为“斋直是求道之本”，主张“身为杀盗淫动，故役之以礼拜；口有恶言，绮妄两舌，故课之以诵经；心有贪欲嗔恚之念，故使之以思神。用此三法，洗心净行，心行精至，斋之义也。”他在总结前代斋仪的基础上，制定了“九斋十二法”的斋醮体系。并撰述一系列斋戒仪范之书。他汲取儒家的封建礼法、道德规范以及佛教的“三业清净”的思想，从而使道教斋法不仅有了系统的仪式戒科，而且使斋戒仪范的理论更加完备。
第三，陆修静不仅整顿组织、完善斋醮仪式而且还对道教经典进行整理和分类。他早年便注意采访搜集道教经典，曾“南诣衡湘、九嶷，访南真之遗迹；西至峨眉、西城，寻清虚之高躅”。元嘉十四年，即着手刊正《灵宝经》，编撰《灵宝经目》。
泰始三年其从庐山入京，居崇虚馆，又得当时朝廷收藏的杨羲、许谧手书上清经真诀。相传由鲍靓所造之《大有三皇经》亦为其所得。于是他“总括三洞”，校理卷数目录，于泰始七年奉敕撰《三洞经书目录》献上。
其针对当时《灵宝经》错乱糅杂，使后来学者难辨真伪，“视听者疑惑，修味者闷烦”的情况，于是对之整理考证，编成了《灵宝经目》一书，从而大大地推动了灵宝派的发展。陆修静在整理道教经典的同时，又创造了三洞四辅十二类的道教典籍分类体系，为隋唐以后历代整理道书，编修“道藏”所沿用。